Die Komfortschließung über den Schlüssel kann man ein und ausschalten. Musst Du mal gucken, ob das bei Dir aktiviert ist. Wenn ja, geht es wohl wirklich nicht während des Ladevorgangs. Folgendes steht dazu im Handbuch auf Seite 51:
Die Funktion zum Öffnen/Schließen des Fensters durch Drücken und Halten des Mikroschalters kann im Infotainment-Touchscreen → Settings (Einstellungen) → Locks (Verriegelungen) → Windows (Fenster) ein- oder ausgeschaltet werden. Die hier gezeigten Informationen dienen nur zu Referenzzwecken.
Ansonsten lässt sich das Auto aber in jedem Fall auch während des Ladevorgangs einschalten und benutzen. Würde mich sehr wundern, wenn man dann nicht alle Fenster bedienen könnte, denn alles andere geht dann ja auch, aber muss ich demnächst mal probieren.